Гипотеза мира РНК — это гипотетический этап процесса зарождения и развития жизни на Земле, когда молекулы рибонуклеиновых кислот (РНК) выполняли две ключевых функции. В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК. В рамках своего проекта ученые поставили под сомнение достоверность гипотезы РНК-мира. Новости о недвижимости, экономики и финансах в России.
Ненаучно: Самозарождение
- Ненаучно: Самозарождение
- РНК-переключатели
- Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
- СВЯЗАТЬСЯ С РЕДАКЦИЕЙ
- Гипотеза мира РНК -
- Обнаружены новые доказательства РНК-мира — Странная планета
Появилась новая гипотеза возникновения ДНК и РНК
Исследователи разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК, лишенные ферментативной активности. В результате возникали короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК. Этот неферментативный механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера, подобно тому, как регенерируют черви, разрезанные на сегменты. Во второй модели способные к спонтанному образованию рибозимы, катализирующие расщепление, были добавлены к пулу полимерных РНК-цепочек, которых они разрезали при столкновении. Полимерные цепочки способны спариваться определенным образом.
Это позволяет предположить, что древние РНК-полимеры могли использовать такие температурные циклы для своего размножения. Неорганические поверхности, например, камни, также могли играть важную роль в этом процессе, способствуя стабилизации и размножению РНК-молекул.
Это открытие дает новые перспективы для понимания процессов, лежащих в основе зарождения жизни на нашей планете, и подчеркивает важность дальнейших исследований в области преобиотической химии и молекулярной биологии.
Вскоре было обнаружено множество разнообразных рибозимов. Особенно широко их используют для манипулирования своими РНК вирусы и другие простые инфекционные агенты. Таким образом, РНК оказались мастерами на все руки: они могут выступать в роли носителей наследственной информации, могут служить катализаторами, транспортными средствами для аминокислот, образовывать высокоспецифичные комплексы с белками. Окончательная уверенность в том, что «мир РНК» действительно существовал, наступила после выявления деталей строения кристаллов рибосом методом рентгеноструктурного анализа. Ученые рассчитывали обнаружить там белок, катализирующий сшивание аминокислот в белковую последовательность. Каково же было их удивление, когда выяснилось, что в каталитическом центре рибосом белковых структур нет совсем, что он полностью построен из РНК!
Оказалось, что все ключевые стадии биосинтеза белка осуществляются молекулами РНК. Точка в дискуссии о возможности существования «мира РНК» как особой стадии биологической эволюции была поставлена. Конечно, полную картину еще предстоит реконструировать — осталось много нерешенных вопросов. Например, в современной клетке активацию аминокислот и их присоединение к соответствующим тРНК осуществляют специфичные белки-ферменты. Возникают вопросы: могла ли эта реакция осуществляться без участия белков, только с помощью РНК? В общем-то, после открытия рибозимов такие потенциальные способности РНК уже не вызывали особых сомнений. Но наука требует, чтобы гипотезы экспериментально подтверждались. Дарвиновская Эволюция в Пробирке Хороший метод зачастую позволяет осуществить революцию в науке.
Именно так можно сказать о методе полимеразной цепной реакции ПЦР , который позволяет размножать нуклеиновые кислоты в неограниченных количествах. Кратко опишем суть метода. Затем, при охлаждении, с ними связываются праймеры, образуя короткие фрагменты спиральных структур. В результате реакции из одной двуцепочечной ДНК получается две. Если повторить процесс, получится четыре цепочки, а после n повторений — 2nмолекул ДНК. Все очень просто. Изобретение ПЦР и разработка методов химического синтеза ДНК позволили создать потрясающую технологию молекулярной селекции. Принцип молекулярной селекции тоже прост: сначала синтезируется множество молекул, обладающих разными свойствами так называемая молекулярная библиотека , а затем из этой смеси отбираются молекулы с желаемым свойством.
Библиотеки нуклеиновых кислот — это смеси молекул, имеющих одинаковую длину, но отличающихся последовательностью нуклеотидов. Поскольку обычно используются участки длиной 30—60 мономеров, то в результате синтеза получается от 430 до 460 разных молекул! Цифры, привычные разве что для астрономов. В результате получается библиотека уже одноцепочечных РНК. РНК, способную связывать определенные молекулы. С последних же можно считывать искомые РНК-аптамеры, а затем — размножать их методом ПЦР в неограниченных количествах. Конечно, так происходит в идеальном случае, на практике все получается сложнее. Обычно исходный препарат РНК содержит огромный избыток «по-сторонних» молекул, избавиться от которого трудно.
С помощью такого метода были получены тысячи разных РНК-аптамеров, которые образуют специфические комплексы с различными органическими соединениями и молекулами. Рассмотренная схема молекулярной селекции может быть применена для получения молекул с любыми свойствами. Делайте Ваш Заказ! Метод молекулярной селекции обладает очень большими возможностями. С его помощью можно решать задачи поиска нужных молекул даже в том случае, если исходно нет идеи, как такие молекулы должны быть устроены.
Атомы в структурах могли быть организованы двумя эквивалентными способами, зеркально отличающимися друг от друга, но все структуры используют только один способ.
Картер начал считать РНК и полипептиды дополняющими друг друга структурами, и смоделировал комплекс, в котором «они были созданы друг для друга, как рука и перчатка». Это подразумевает возможность элементарного кодирования, основу для обмена информацией между РНК и полипептидами. Он работал над набросками того, как этот процесс мог выглядеть, экстраполируя назад от современного, гораздо более сложного генетического кода. Когда гипотеза, которую в 1986 году назвали «мир РНК», набрала популярность, Картер, по его признанию, был выбит из колеи. Ему казалось, что его мир пептидов и РНК, предложенный за десять лет до этого, полностью проигнорировали. С тех пор он, Уиллс и другие совместно работали над теорией, возвращающейся к тому исследованию.
Их главной целью было вывести простейший генетический код, предшествующий современному, более специфичному и сложному. Поэтому они обратились не только к вычислениям, но и к генетике. В основе их теории лежат 20 «нагрузочных» молекул, аминоацил-тРНК-синтетазы. Эти каталитические ферменты позволяют РНК связываться с определёнными аминокислотами в соответствии с правилами генетического кода. Предыдущие исследования показали, что 20 ферментов можно поровну разделить на две группы по 10 штук на основе их структуры и последовательностей. Два этих класса ферментов обладают определёнными последовательностями, кодирующими взаимоисключающие аминокислоты — то есть, эти ферменты должны были появиться из дополняющих цепочек одного древнего гена.
Картер, Уиллс и их коллеги обнаружили, что в таком случае РНК кодировала пептиды при помощи набора всего из двух правил или, иначе говоря, использовала два типа аминокислот. Получившиеся пептиды поддерживали те же самые правила, что управляют процессом передачи, благодаря чему возникает ключевая для этой теории петля обратной связи.
Найдено подтверждение гипотезы «РНК-мира»
Согласно гипотезе мира РНК, на заре жизни за Земле молекулы РНК были как носителями наследственной информации, так и ферментами (рибозимами). Гипотеза мира РНК — это гипотетический этап процесса зарождения и развития жизни на Земле, когда молекулы рибонуклеиновых кислот (РНК) выполняли две ключевых функции. Понятно, что существенный аргумент гипотезы РНК-мира состоит в том, что эта гипотеза создает "простой" переходный мостик между абиогенной органикой и клетками. Концепцию мира РНК впервые сформулировал в 1962 году Александр Рич (Alexander Rich), термин ввел в 1986 году Уолтер Гилберт (Walter Gilbert).
Рибозим со свойствами РНК-полимеразы синтезировал функциональные молекулы РНК
С самого начала гипотеза «мира РНК» привлекала ученых изящным решением проблемы «курицы и яйца» (или «феникса и огня»), вынесенной в эпиграф этой статьи. Согласно гипотезе мира РНК, на заре жизни за Земле молекулы РНК были как носителями наследственной информации, так и ферментами (рибозимами). Гипотеза не объясняла, как РНК начали соединяться с белками. Гипотеза о существовании мира РНК получила новую жизнь после исследований, продемонстрировавших то, что молекулы РНК проявляют более высокую каталитическую активность в условиях, сходных с теми, что существовали на Земле миллиарды лет назад. В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК. Ученые Института биологических исследований Солка обнаружили доказательства гипотезы РНК-мира, согласно которой ключевым предшественником живых клеток стали самовоспроизводящиеся молекулы РНК.
ELife: выявлено самовоспроизведение молекул, подтверждающее гипотезу РНК-мира
Это аналогичные молекулы, хотя для производства урацила требуется меньше энергии. С точки зрения спаривания соответствующих последствий нет: аденин способен безразлично связывать оба основания. Реальным ограничением использования урацила является то, что он может быть результатом дезаминирования цитозина , что делает молекулы РНК особенно восприимчивыми к мутациям, которые заменяют пары оснований , такие как GC на GU. Структура РНК делает ее длинные нити хрупкими по своей природе, которые могут подвергаться деградации посредством гидролиза. Ароматические основания, которые эффективно поглощают УФ -излучение , также очень склонны к структурным модификациям, что делает точность такого сохранения очень низкой. Наличие такой оптимизированной молекулы , как ДНК, объясняет, почему сегодня для этой цели не используется РНК, но не исключает, что это могло иметь место на первобытных стадиях жизни на Земле. Значение гипотезы Свойства РНК делают существование мира РНК концептуально возможным, хотя его правдоподобие как объяснение происхождения жизни все еще обсуждается.
Несколько иная версия гипотезы состоит в том, что другой тип нуклеиновой кислоты , называемый пре-РНК , первым появился в виде самовоспроизводящейся молекулы, но впоследствии был заменен РНК. Наиболее убедительным доказательством является то, что в рибосоме , состоящей из белков и рибосомной РНК, синтез белка осуществляется не ферментами которые являются белками , а рибосомной РНК , которая в данном случае ведет себя как рибозим. Вторым важным тестом является явление сплайсинга , когда молекула пре-РНК способна разрезать себя без вмешательства ферментов, хотя вмешательство белков, как и в случае с рибосомами, стабилизирует и действует как «каркас» для реакции. Опять же, вироиды , простейшие самовоспроизводящиеся объекты, состоят из РНК, которая действует как рибозим. РНК также представляет собой единственный генетический материал некоторых вирусов, таких как ретровирусы , что доказывает, что только РНК может составлять геном. Эти и другие свидетельства, присутствующие в современных живых организмах, убедительно подтверждают идею о том, что РНК была последней самореплицирующейся молекулой до появления ДНК [13].
Хотя нуклеотиды не были идентифицированы в классическом эксперименте Миллера-Юрея , есть и другие эксперименты, такие как эксперимент Джоана Оро , которые подчеркивают их возможный автономный синтез в условиях окружающей среды, характерных для происхождения жизни. В последующем эксперименте в менее восстановительной атмосфере, чем у Юри, были получены нуклеотиды [14] , что еще больше укрепило гипотезу мира РНК. Эта гипотеза также подтверждается исследованиями очень простых рибозимов, таких как вирусные Q-бета РНК , которые продемонстрировали способность к самовоспроизведению даже под очень сильным селективным давлением. Фактически ультрафиолетовые лучи одновременно вызывают полимеризацию РНК и расщепление других типов органических молекул, потенциально способных катализировать деградацию РНК например, рибонуклеаз.
Этот неферментативный механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера, подобно тому, как регенерируют черви, разрезанные на сегменты. Во второй модели способные к спонтанному образованию рибозимы, катализирующие расщепление, были добавлены к пулу полимерных РНК-цепочек, которых они разрезали при столкновении. Полимерные цепочки способны спариваться определенным образом. Если одна из цепочек обладает петлей шпилькой , то возможно образование молекулы РНК, которая действует как рибозим типа hammerhead, способный осуществлять собственное расщепление. В дальнейшем начинается самовоcпроизводство этого энзима в соответствии с первой моделью.
Долгое время оставался вопрос о том, каким образом это свойство сохранялось в процессе биохимической эволюции. Путем разработки моделей исследователи выяснили, что случайные разрывы в простых молекулах РНК приводили к образованию коротких цепочек, действующих как праймеры для синтеза более длинных полимеров РНК. Такой неферментативный механизм приводил к образованию множества копий разрушенного полимера, аналогично регенерации червей, разрезанных на сегменты. Вторая модель предполагала добавление рибозимов, способных к спонтанному образованию и катализированию расщепления, к пулу полимерных РНК-цепочек, которые разрезались при столкновении.
Научно: Химическая эволюция Теория пытается описать превращение сравнительно простых органических веществ в довольно сложные химические системы, предшественницы собственно жизни, под влиянием внешних факторов, механизмов селекции и самоорганизации.
Базовой концепцией этого подхода служит «водно-углеродный шовинизм», представляющий эти два компонента воду и углерод — NS в качестве абсолютно необходимых и ключевых для появления и развития жизни, будь то на Земле или где-то за ее пределами. А главной проблемой остаются условия, при которых «водно-углеродный шовинизм» может развиться в весьма изощренные химические комплексы, способные — прежде всего — к саморепликации. По одной из гипотез, первичная организация молекул могла происходить в микропорах глинистых минералов, которые выполняли структурную роль. На их внутренней поверхности, как на матрице, могли оседать и полимеризоваться сложные биомолекулы: израильские ученые показали, что такие условия позволяют выращивать достаточно длинные белковые цепочки. Здесь же могли скапливаться нужные количества солей металлов, играющих важную роль катализаторов химических реакций.
Глиняные стенки могли выполнять функции клеточных мембран, разделяя «внутреннее» пространство, в котором протекают все более сложные химические реакции, и отделяя его от внешнего хаоса. Энергию для первичного «обмена веществ» могли поставлять неорганические реакции — такие как восстановление минерала пирита FeS2 водородом до сульфида железа и сероводорода. В этом случае для появления сложных биомолекул не требуется ни молний, ни ультрафиолета, как в экспериментах Миллера — Юри. А значит, мы можем избавиться от вредных аспектов их действия. Молодая Земля не была защищена от вредных — и даже смертельно опасных — компонентов солнечного излучения.
Даже современные, испытанные эволюцией организмы были бы неспособны выдержать этого жесткого ультрафиолета — притом что само Солнце было значительно моложе и не давало достаточно тепла планете. Из этого возникла гипотеза о том, что в эпоху, когда творилось чудо зарождения жизни, вся Земля могла быть покрыта толстым — в сотни метров — слоем льда; и это к лучшему. Скрываясь под этим ледяным щитом, жизнь могла чувствовать себя вполне в безопасности и от ультрафиолета, и от частых метеоритных ударов, грозивших погубить ее еще в зародыше. Относительно прохладная среда могла также стабилизировать структуру первых макромолекул. Научно: Черные курильщики В самом деле, ультрафиолетовое излучение на молодой Земле, атмосфера которой еще не содержала кислорода и не имела такой замечательной штуки, как озоновый слой, должно было быть убийственным для любой зарождающейся жизни.
Из этого выросло предположение о том, что хрупкие предки живых организмов были вынуждены существовать где-то, скрываясь от непрерывного потока стерилизующих все и вся лучей. Например, глубоко под водой — конечно, там, где имеется достаточно минеральных веществ, перемешивания, тепла и энергии для химических реакций. И такие места нашлись. Ближе к концу ХХ века стало ясно, что океанское дно никак не может быть пристанищем средневековых монстров: условия здесь слишком тяжелые, температура невелика, излучения нет, а редкая органика способна разве что оседать с поверхности. Фактически это обширнейшие полупустыни — за некоторыми примечательными исключениями: тут же, глубоко под водой, поблизости от выходов геотермальных источников, жизнь буквально бьет ключом.
Насыщенная сульфидами черная вода горяча, активно перемешивается и содержит массу минералов. Черные курильщики океана — весьма богатые и самобытные экосистемы: питающиеся на них бактерии используют железосерные реакции, о которых мы уже говорили. Они являются основой для вполне цветущей жизни, включая массу уникальных червей и креветок. Возможно, они были основой и зарождения жизни на планете: по крайней мере, теоретически такие системы несут в себе все необходимое для этого.
Учеными из США найдены новые доказательства РНК-мира
Эта работа подрывает так называемую «гипотезу мира РНК», которая утверждает, что РНК сформировала основу биосферы Земли задолго до того, как появились ДНК и другие молекулы, важные для жизни, хотя доказательств этого было недостаточно. Сегодня Зоя Андреева рассматривает гипотезу РНК-мира, необязательно верную, но способную свергнуть центральную догму. В основном потому, что гипотеза мира РНК подкрепляется большим числом экспериментальных свидетельств, чем набрали её конкуренты.
Японские ученые впервые доказали способность РНК эволюционировать
В результате возникали короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК. Этот неферментативный механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера, подобно тому, как регенерируют черви, разрезанные на сегменты. Во второй модели способные к спонтанному образованию рибозимы, катализирующие расщепление, были добавлены к пулу полимерных РНК-цепочек, которых они разрезали при столкновении. Полимерные цепочки способны спариваться определенным образом.
Если одна из цепочек обладает петлей шпилькой , то возможно образование молекулы РНК, которая действует как рибозим типа hammerhead, способный осуществлять собственное расщепление.
Но долгое время было неясно, как такая молекула может появиться из предшественников, которые не могут проявлять каталитической активности. Специалисты обнаружили, что рибозим, который помогает расщеплять другие молекулы, может появиться спонтанно, потому что для обеспечения его работы необходимы только несколько классических оснований. Но и тут оставалась проблема, как именно это свойство сохранилось во время биохимической эволюции. Чтобы в этом разобраться, ученые разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК без ферментативной активности.
Что умеют программные роботы Авторы описывают фермент РНК, способный создавать точные копии других функциональных нитей РНК, позволяя со временем возникать новым вариантам этой молекулы. Это значит, что самые ранние формы эволюции могли возникнуть на молекулярном уровне в РНК. Кроме того, это открытие приближает ученых к воспроизводству в лабораторных условиях процесса репликации молекул РНК и непосредственной проверки верности гипотезы «РНК-мира». Молекулы РНК, как и ДНК, состоят из нуклеотидных последовательностей, но могут также выступать в роли белков, как ферменты для проведения реакций.
Команда Джеральда Джойса, президента Института им. Однако все попытки получить в лаборатории версии, способные реплицировать крупные молекулы, оборачивались неудачей — они не обладали достаточной точностью. За многие поколения они накопили так много ошибок, что не походили на изначальные последовательности и полностью потеряли свою функциональность. Однако разработанная недавно в лаборатории Института Солка рибозома оказалась иной — она содержала ряд важных мутаций, позволяющих копировать последовательность РНК с куда большей точностью.
Однако все попытки получить в лаборатории версии, способные реплицировать крупные молекулы, оборачивались неудачей — они не обладали достаточной точностью. За многие поколения они накопили так много ошибок, что не походили на изначальные последовательности и полностью потеряли свою функциональность. Однако разработанная недавно в лаборатории Института Солка рибозома оказалась иной — она содержала ряд важных мутаций, позволяющих копировать последовательность РНК с куда большей точностью. Испытания показали, что полученная рибозома не только повторяет функции оригинальной, но и со временем у нее возникают новые вариации. Благодаря новым мутациям им стало легче реплицироваться, то есть они приобрели эволюционное преимущество. Нечто на уровне отдельных молекул могло поддержать дарвиновскую эволюцию, это могла быть какая-то искра, которая позволила жизни стать более сложной и развиться от молекул до клеток и многоклеточных организмов». Иногда, чтобы восстановиться после повреждений, молекулам РНК требуется химическая модификация. Один из таких процессов — трехэтапное лигирование или соединение двух цепочек РНК.
Молекулы РНК появились на Земле раньше молекул ДНК и белков
| Семь научных теорий о происхождении жизни. И пять ненаучных версий | Пост автора «Хайтек+» в Дзене: Найдено подтверждение гипотезы «РНК-мира» Эволюция, по определению Дарвина, это наследование с модификациями. |
| Как в мир РНК пришли белки | Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. |
| Рибозим со свойствами РНК-полимеразы синтезировал функциональные молекулы РНК | Новости о недвижимости, экономики и финансах в России. |
Получено экспериментальное подтверждение гипотезы РНК-мира
Чтобы гипотеза о мире РНК была достоверной, мы должны представить себе, что достаточно длинный предшественник РНК, способный к репликации, мог спонтанно появиться в пребиотическом супе. Полагаю, что и гипотезу «Мир-РНК», которая по принципу «на безрыбье и рак рыба» пока атеистам кажется убедительной, ждет такое же будущее. Гипотеза РНК-мира для ЕГЭ по биологии. Сегодня Зоя Андреева рассматривает гипотезу РНК-мира, необязательно верную, но способную свергнуть центральную догму. Концепция РНК-мира, разработанная в России, получила новые подтверждения. Таким образом, новое весомое доказательство получила так называемая гипотеза РНК-мира, согласно которой именно молекулы РНК стояли у истоков земной жизни, и они стали первыми сохранять и передавать генетическую информацию.
Тайна появления жизни на Земле
| Установлено, как первые формы жизни, возможно, упаковывали РНК | Мир РНК — это красивая гипотеза о самозарождении жизни, и вчера ее доказательство стало на шаг ближе. |
| РНК у истоков жизни? | Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. |
| РНК у истоков жизни? | и, возможно, единственной - формой жизни до появления первой ДНК- клетки. |
| Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК" | | Гипотеза мира РНК ставит РНК в центр внимания при зарождении жизни. |
Исследователи смешивают РНК и ДНК, чтобы изучить, как началась жизнь на Земле
ELife: обнаружено случайное возникновение самовоспроизводящихся молекул Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили об обнаружении новых доказательств гипотезы РНК-мира. Гипотеза о существовании мира РНК получила новую жизнь после исследований, продемонстрировавших то, что молекулы РНК проявляют более высокую каталитическую активность в условиях, сходных с теми, что существовали на Земле миллиарды лет назад. С самого начала гипотеза «мира РНК» привлекала ученых изящным решением проблемы «курицы и яйца» (или «феникса и огня»), вынесенной в эпиграф этой статьи.